純棉屬于天然纖維，具有透氣性佳、手感好、價格低等優點，以60 x 60/20's x 20's、108 x 58/20'sx 20's為主，國內所有醫療院所目前有9成以上以棉質手術衣為主，但在西方國家對于手術衣的要求中已將各項防護性及感控作為最主要的規范重點，減少棉質手術衣的使用。雖然棉具有良好透氣性，卻沒有阻隔防護功能，若遇大型手術、大出血或需使用大量液體沖洗時，手術衣會被的噴濺液體浸濕后滲入內層刷手衣，隨著有可能攜帶的包括HBV(肝炎B病毒)、HCV(肝炎C病毒)和HIV(艾滋病病毒)在內的各種病原體使醫護人員面臨更大的感染風險。隨著感控、防護觀念的提升，制造商與醫院分別從材料面及使用面來改善這個問題。以棉質手術衣而言，制造商可能采用后處理添加潑水劑或多層組合(中間加入透濕防水織物)以減少吸附的液體。在醫院方面，手術室醫護人員可能以貼上防水膠膜或集水層以收集手術中流出的液體避免與人體接觸。另外若遇大型手術，預期可能會產生大量體液時，醫護人員若選擇穿著棉質手術衣時，在手術衣內加穿一件防水罩袍以防止吸附于手術衣上的液體滲入